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极性运输（又称纵向运输）就是生长素只能从植物的形态学上端往形态学下端运输，而不能倒过来运输。这是由遗传物质决定的，而不受重力影响。是根据Goldsmith提出的化学渗透极性假说，各细胞细胞膜底部上携有生长素载体蛋白，顶端细胞膜没有这种蛋白，所以生长素只能从细胞底部运向下一个细胞。
生长素在植物体内除了极性运输之外，也发现在植物体中存在被动的、在韧皮部中无极性的生长素运输现象，成熟叶子合成的生长素可能就是通过韧皮部进行非极性的被动运输。通常生长素的极性运输是需能的主动过程，而与极性运输不同的是，非极性运输与植物形态学方向无明显关系的运输方式。这已经能够通过实验得到证实，即在叶面施加外源性的生长素，在根的基部能够检测得到；在根部施用外源性的生长素，在叶子上能够检测得到。
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