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原核细胞中含有RNA原核生物的基因结构多数以操纵子形式存在，即完成同类功能的多个基因聚集在一起，处于同一个启动子的调控之下，下游同时具有一个终止子。两个基因之间存在长度不等的间隔序列，如与乳糖代谢有关酶的基因。在距转录起始点-35和-10（转录起始点上游的核苷酸序列为“-”，下游的核苷酸序列为“+”）附近的序列都有RNA聚合酶识别的信号。RNA聚合酶先与-35附近的序列（称为Pribnow框）结合，然后才与-10附近的序列（称为Sextama框）结合。RNA聚合酶一旦与-10附近序列结合，就立即从识别位点上脱离下来，DNA双链解开，转录开始。除启动子外，往往还有一些调控转录的其他因子，如调节基因和操纵基因。
原核细胞的繁殖细菌以一分为二的方式繁殖，某些细菌处于不利的环境，或耗尽营养时，形成内生孢子，又称芽孢，是对不良环境有强抵抗力的休眠体，由于芽胞在细菌细胞内形成，故常称为内生孢子。
芽孢的生命力非常顽强，有些湖底沉积土中的芽孢杆菌经500-1000年后仍有活力，肉毒梭菌的芽孢在pH7.0时能耐受100℃煮沸5-9.5小时。芽孢由内及外有以下几部分组成：
1．芽孢原生质（spore protoplast）：核心（core）含浓缩的原生质。
2．内膜（inner membrane）：由原来繁殖型细菌的细胞膜形成，包围芽孢原生质。
3．芽孢壁（spore wall）：由繁殖型细菌的肽聚糖组成，包围内膜。发芽后成为细菌的细胞壁。
4．皮质（cortex）：是芽孢包膜中最厚的一层，由肽聚糖组成，但结构不同于细胞壁的肽聚糖，交联少，多糖支架中为胞壁酐而不是胞壁酸，四肽侧链由L-Ala组成。
5．外膜（outer membrane）：也是由细菌细胞膜形成的。
6．外壳qiao（coat）：芽孢外壳，质地坚韧致密，由类角蛋白（keratinlike protein）组成，含有大量二硫健，具有疏水性特征。
7．外壁（exosporium）：芽孢外衣，是芽孢的最外层，由脂蛋白及碳水化合物（糖类）组成，结构疏松。
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